Στην αφαίρεση- εκτομή εκκολπώματος οισοφάγου διενεργείται εκτομή του εκκολπώματος είτε με αριστερή θωρακοτομή για τον κατώτερο οισοφάγο, είτε με αριστερή τραχηλική τομή, για εκκόπλωμα του τραχηλικού τμήματος του οισοφάγου, το οποίο λέγεται εκκόλπωμα Zenker. Η εκτομή γίνεται με σύγχρονη συρραφή με αυτόματο συρραπτικό ή με συρραφή με διακεκομμένες μονές ραφές με το χέρι.